🔧
tool
一、scRNA-seq技术的发展
**早期方法(2011-2015)**: - **Smart-seq/Smart-seq2**:使用oligo(dT)引物和模板切换(template switching)逆转录,产生全长cDNA - 优点:覆盖全转录本,可检测可变剪接 - 缺点:通量低(每次实验数十到数百个细胞),成本高 **基于液滴的高通量方法(2015至今)**: - **10x Genomics Chromium*...
📖 定义
早期方法(2011-2015):
- Smart-seq/Smart-seq2:使用oligo(dT)引物和模板切换(template switching)逆转录,产生全长cDNA
- 优点:覆盖全转录本,可检测可变剪接
- 缺点:通量低(每次实验数十到数百个细胞),成本高
基于液滴的高通量方法(2015至今):
- 10x Genomics Chromium:利用微流控技术将单个细胞与带有条形码的微珠包裹在油包水液滴中
- 优点:高通量(每次实验可测数千至数万个细胞),成本大幅下降
- 缺点:仅检测3'端(或5'端)序列,无法覆盖全转录本
- Drop-seq/InDrop:类似10x的原理,但由学术实验室开发