二、RNA-seq技术的发展

第一代转录组技术：基因芯片（Microarray）
- 原理：将已知基因的寡核苷酸探针固定在芯片上，与标记的cDNA/cRNA杂交，通过荧光信号强度定量基因表达
- 局限：
- 只能检测已知序列（探针设计依赖已有基因组注释）
- 动态范围有限（通常2-3个数量级）
- 存在交叉杂交问题
- 难以检测新转录本和可变剪接
第二代转录组技术：RNA-seq
- 2008年首次报道（Mortazavi et al., Nature Methods）
- 原理：将RNA逆转录为cDNA，构建测序文库，进行高通量测序
- 优势：
- 不需要预先知道基因组序列
- 动态范围广（>5个数量级）
- 可同时检测已知和新转录本
- 可检测可变剪接、融合基因等
- 可检测SNP和等位基因特异性表达
第三代转录组技术：长读长RNA-seq
- PacBio Iso-Seq：产生全长转录本序列，无需组装即可确定完整异构体
- Nanopore direct RNA-seq：直接测序RNA分子，保留碱基修饰信息