三、lncRNA的特征与功能

lncRNA的主要特征：
- 组织特异性和发育阶段特异性表达
- 表达量通常较低
- 物种间保守性相对较差（比蛋白质编码基因低）
- 可在表观遗传、转录及转录后等多层面调控基因表达
lncRNA的功能机制：
1. 顺式调控邻近基因：如XIST介导X染色体失活
2. 反式调控远端基因：如HOTAIR招募PRC2复合物到多个基因组位点
3. 作为miRNA海绵：lncRNA含有多个miRNA结合位点，竞争性吸附miRNA
4. 与蛋白质互作：作为支架RNA招募蛋白质复合物
5. 编码微肽：部分lncRNA含有短ORF，可翻译功能性微肽
lncRNA的鉴定：
1. 链特异性RNA-seq获取转录组数据
2. 转录本拼接（Cufflinks/StringTie）
3. 过滤已知注释基因和短转录本（<200 nt）
4. 编码潜能筛选（CPC2, CPAT, PLEK）
5. 排除具有显著蛋白质编码潜能的转录本