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三、InterPro结构域注释
InterPro整合了多个蛋白质特征数据库： - **Pfam**：基于HMM的蛋白质家族和结构域数据库 - **PRINTS**：基于指纹（保守基序组）的数据库 - **PANTHER**：基于系统发育树的蛋白质家族分类 - **ProSite**：基于模式（pattern）和谱（profile）的功能位点数据库 - **SUPERFAMILY**：基于SCOP结构分类的远缘同源识别 - **S...
📖 定义
InterPro整合了多个蛋白质特征数据库：
- Pfam：基于HMM的蛋白质家族和结构域数据库
- PRINTS：基于指纹（保守基序组）的数据库
- PANTHER：基于系统发育树的蛋白质家族分类
- ProSite：基于模式（pattern）和谱（profile）的功能位点数据库
- SUPERFAMILY：基于SCOP结构分类的远缘同源识别
- SMART：信号肽、跨膜区、结构域识别
InterProScan工作流程：
1. 用多种方法（HMM、模式匹配、profile等）扫描蛋白质序列
2. 整合不同数据库的预测结果
3. 为每个预测的domain/feature提供GO term映射
4. 输出GFF3或TSV格式的注释结果