Conda环境管理

核心概念：
- 环境（Environment）：独立的软件安装空间，不同环境之间互不干扰
- 通道（Channel）：软件包的来源仓库。Bioconda是生物信息学专用通道
- 环境文件（environment.yml）：记录环境中所有软件及其版本的配置文件
基本操作：

# 查看现有环境
conda env list
# 创建新环境
conda create -n rnaseq python=3.10
# 激活环境
conda activate rnaseq
# 安装软件
conda install -c bioconda star
conda install -c bioconda samtools
conda install -c bioconda featurecounts
conda install -c bioconda fastqc
conda install -c bioconda multiqc
# 一次性安装多个包
conda install -c bioconda star samtools featurecounts fastqc multiqc
# 查看已安装的包
conda list
# 导出环境配置
conda env export > environment.yml
# 从配置文件创建环境
conda env create -f environment.yml
# 删除环境
conda remove -n rnaseq --all
# 退出当前环境
conda deactivate

示例environment.yml文件：

name: rnaseq
channels:
  - bioconda
  - conda-forge
  - defaults
dependencies:
  - python=3.10
  - star=2.7.10b
  - samtools=1.16
  - featurecounts=2.0
  - fastqc=0.11.9
  - multiqc=1.14
  - trimmomatic=0.39
  - picard=2.27
  - r-base=4.2
  - bioconductor-deseq2=1.38
  - pip
  - pip:
    - salmon==1.9.0