三、16S rRNA作为分类标记基因

16S rRNA（原核生物）和18S rRNA/ITS（真核微生物）是微生物分类鉴定的"条形码"。
16S rRNA的优势：
1. 普遍存在：所有细菌和古菌都含有16S rRNA基因
2. 功能保守：核糖体功能对生命至关重要，序列演化相对缓慢
3. 大小适中：约1,500 bp，既包含保守区（设计通用引物），又包含可变区（区分物种）
16S rRNA的可变区：
- V1-V9共9个可变区
- 常用测序区域：V3-V4（约465 bp，Illumina MiSeq 2×300可覆盖）
- 不同可变区的分辨能力不同：V1-V2适合属水平，V3-V4可区分到种/株水平
分类阈值：
- 16S rRNA序列相似性 >97%：通常认为是同一个种
- 16S rRNA序列相似性 >95%：通常认为是同一个属