一、GO注释的原理与方法

GO数据库的核心是一个有向无环图（DAG）结构，其中：
- 每个节点（GO term）代表一个功能概念
- 边代表"is_a"（是一种）或"part_of"（是...的一部分）关系
- 子节点比父节点更具体（如"蛋白质激酶活性" is_a "转移酶活性"）
GO注释的常用方法：
（1）基于序列相似性的GO注释
- 用BLAST将查询蛋白与GO注释数据库（如UniProt-GOA）比对
- 将相似蛋白的GO term转移给查询蛋白
- 常用工具：Blast2GO、eggNOG-mapper
（2）基于结构域的GO注释
- 通过InterProScan识别蛋白质结构域
- 利用结构域与GO term的映射关系进行注释
- InterPro数据库提供了Pfam、SUPERFAMILY等结构与GO的映射
（3）基于机器学习的方法
- 使用蛋白序列特征（氨基酸组成、物理化学性质、亚细胞定位信号等）训练分类器
- 预测GO term
- 代表方法：DeepGO（基于深度学习）