一、基因组组装的核心挑战

（1）重复序列
基因组中普遍存在重复序列，包括串联重复（如微卫星）和散在重复（如转座子、segmental duplication）。重复序列导致组装歧义——相同的reads可能来源于基因组的不同位置，组装算法无法确定其真实来源。
（2）测序错误
Illumina测序错误率约0.1-1%（Q30-Q20），Nanopore原始错误率可达5-15%。测序错误会干扰k-mer的正确连接，在DBG中产生"气泡"（bubble）和"死胡同"（tip）。
（3）覆盖度不均
基因组不同区域的测序深度差异很大。高GC区域、AT富集区域、重复序列区域的覆盖度往往偏低，导致这些区域组装困难。
（4）杂合度
二倍体生物的两条同源染色体存在差异。组装软件需要区分同源序列并可能分别组装（phased assembly），否则杂合位点会导致组装碎片化。