一、蛋白质功能概述

1. 蛋白质功能的层次性
蛋白质功能具有复杂性和多层次性：
- 分子功能：蛋白质执行的生化活动（如激酶活性、DNA结合、转录激活）
- 生物过程：蛋白质参与的细胞或生物体层面的过程（如细胞分裂、凋亡、代谢通路）
- 细胞组分：蛋白质所在的细胞位置（如细胞核、线粒体、膜）
同一蛋白质可能具有多种功能（多功能性，pleiotropy），而同一功能可能由多个蛋白质共同执行（冗余性）。
2. GO注释系统
GO采用有向无环图（DAG）结构组织术语：
- 每个术语（GO term）有唯一ID（如GO:0004672，蛋白激酶活性）
- 术语之间存在"is_a"和"part_of"关系
- 从根节点到叶节点的路径表示功能的特异性递增
GO注释证据代码：
- EXP：实验验证
- IDA：直接实验测定
- IPI：蛋白质相互作用
- ISS：序列相似性推断
- IEA：自动电子注释
- ...（共约15种证据代码）
3. CAFA竞赛
- 2010年首次举办，之后每2-3年一次
- 使用未公开蛋白质序列作为测试集
- 评估指标：Fmax（F-measure最大值）、Smin（语义距离最小值）、AUPR（精确率-召回率曲线下面积）
- 推动了功能预测方法的发展，特别是整合多源信息的方法