五、组装质量评估

连续性指标：
- N50/L50：衡量contig/scaffold长度的分布
- 最大contig长度：最长的连续序列
- gap数量：scaffold中N碱基的数量和总长度
完整性指标：
- BUSCO（Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs）：检测基因组中保守单拷贝基因的存在情况。高BUSCO完整性（如>90%）表示基因组组装较完整。
- CEGMA（Core Eukaryotic Genes Mapping Approach）：类似BUSCO，基于核心真核基因集。
准确性指标：
- QUAST：计算N50、错误组装（misassembly）数量、基因组覆盖度等
- Pilon polish后的二代比对一致性：检测碱基错误
- k-mer spectrum分析：与原始测序数据的k-mer谱比较，评估完整性