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concept
四、宏基因组测序 vs 16S扩增子测序
| 特性 | 16S扩增子测序 | 宏基因组测序（Shotgun） | |------|-------------|---------------------| | 测序对象 | 16S rRNA基因 | 全部DNA | | 物种覆盖 | 细菌和古菌 | 细菌、古菌、真菌、病毒 | | 功能信息 | 无 | 有（KEGG/COG通路） | | 分辨率 | 通常到属/种水平 | 可到株水平 | |...
📖 定义
| 特性 | 16S扩增子测序 | 宏基因组测序（Shotgun） |
|---|---|---|
| 测序对象 | 16S rRNA基因 | 全部DNA |
| 物种覆盖 | 细菌和古菌 | 细菌、古菌、真菌、病毒 |
| 功能信息 | 无 | 有（KEGG/COG通路） |
| 分辨率 | 通常到属/种水平 | 可到株水平 |
| 成本 | 低（约50-100元/样） | 高（约500-2000元/样） |
| 数据分析复杂度 | 较低 | 较高 |
| 偏倚 | PCR扩增偏倚 | 提取偏倚、比对偏倚 |