💡 concept

五、Ti/Tv比率作为质量指标

转换/颠换比率(Ti/Tv ratio)是评估SNP集合质量的重要指标: - **全基因组范围的期望Ti/Tv**:约2.0-2.2 - **外显子区域的期望Ti/Tv**:约2.8-3.0(因为同义SNP只发生在特定密码子位置) 如果检测到的SNP集合Ti/Tv显著低于期望值,可能提示: - 存在大量假阳性(特别是颠换类型的假阳性较多) - 过滤条件不够严格 - 样本存在污染

📖 定义

转换/颠换比率(Ti/Tv ratio)是评估SNP集合质量的重要指标:
- 全基因组范围的期望Ti/Tv:约2.0-2.2
- 外显子区域的期望Ti/Tv:约2.8-3.0(因为同义SNP只发生在特定密码子位置)
如果检测到的SNP集合Ti/Tv显著低于期望值,可能提示:
- 存在大量假阳性(特别是颠换类型的假阳性较多)
- 过滤条件不够严格
- 样本存在污染