一、T2T基因组组装策略

传统的基因组组装在高度重复序列区域（如着丝粒、端粒、rDNA阵列）存在大量缺口，主要原因是：
- 二代短读长无法跨越长重复单元
- 重复序列使组装算法难以确定正确的路径
T2T联盟实现人类完整基因组的关键技术组合：
（1）PacBio HiFi长读长
- 读长约15-20 kb，准确性>99.9%
- 足以跨越大多数重复单元（如着丝粒卫星重复单元约171 bp）
- 高准确性使得区分高度相似的重复序列成为可能
（2）Oxford Nanopore超长读长
- 读长可达100 kb至数Mb
- 直接跨越最大的重复阵列（如5S rDNA阵列可长达数Mb）
- 提供长距离的序列连续性信息
（3）Hi-C辅助scaffold连接
- 将HiFi组装产生的contig提升到染色体级别
- 确定contig的顺序、方向和间隙大小
（4）手动审校与验证
- 对复杂区域（如着丝粒）进行手动检查
- 使用荧光原位杂交（FISH）和光学图谱进行验证