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二、宏基因组Shotgun分析流程

``` 原始测序数据 (FASTQ) ↓ 质量控制 (FastQC, Trimmomatic) ↓ 去宿主DNA (Bowtie2比对宿主参考基因组) ↓ 宏基因组组装 (MEGAHIT, metaSPAdes) ↓ 基因预测 (Prodigal, MetaGeneMark) ↓ 基因 catalog构建 (CD-HIT聚类) ↓ 功能注释 (egg...

📖 定义

原始测序数据 (FASTQ)
    ↓
质量控制 (FastQC, Trimmomatic)
    ↓
去宿主DNA (Bowtie2比对宿主参考基因组)
    ↓
宏基因组组装 (MEGAHIT, metaSPAdes)
    ↓
基因预测 (Prodigal, MetaGeneMark)
    ↓
基因 catalog构建 (CD-HIT聚类)
    ↓
功能注释 (eggNOG-mapper, KEGG)
    ↓
分箱 (MetaBAT2, MaxBin2, CONCOCT)
    ↓
MAG质量评估 (CheckM)
    ↓
物种分类和系统发育分析

🔗 知识关联

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