SAM/BAM格式详解

SAM文件包含11个必需字段：
| 列 | 字段名 | 说明 |
|----|--------|------|
| 1 | QNAME | Read名称 |
| 2 | FLAG | 比对标志（位掩码） |
| 3 | RNAME | 参考序列名称 |
| 4 | POS | 比对起始位置（1-based） |
| 5 | MAPQ | 比对质量（Phred标度） |
| 6 | CIGAR | 比对运算字符串 |
| 7 | RNEXT | 配对read的参考序列 |
| 8 | PNEXT | 配对read的位置 |
| 9 | TLEN | 模板长度 |
| 10 | SEQ | 序列 |
| 11 | QUAL | 质量值 |
FLAG字段解读（关键值）：
| FLAG | 含义 |
|------|------|
| 1 | Read有配对 |
| 2 | Read在配对中正确比对 |
| 4 | Read未比对 |
| 8 | 配对read未比对 |
| 16 | Read比对到反向互补链 |
| 64 | 是第一个read |
| 128 | 是第二个read |
| 256 | 非主要比对 |
| 512 | 未通过QC |
| 1024 | PCR重复或光学重复 |