四、长读长表观遗传测序

1. 纳米孔测序（ONT）在表观遗传中的应用
DNA甲基化检测：
- 直接检测5-mC和5-hmC，无需亚硫酸盐处理
- 可以区分CpG、CHG和CHH甲基化
- 同时检测DNA序列和甲基化信息
RNA修饰检测：
- 直接检测m⁶A、Ψ、2'-O-Me等修饰
- 保留全长RNA信息，包括可变剪接和融合基因
- 软件：EpiNano、Nanocompore、Tombo
优势：
- 长读长（可达数百万bp）可以跨越重复序列和复杂区域
- 单分子分辨率揭示等位基因特异性修饰
- 可以检测结构变异和甲基化的同时存在
挑战：
- 错误率较高（约5-10%），需要高深度覆盖
- 碱基识别和修饰检测的准确性仍在改进中
- 成本和通量与二代测序相比仍有差距
2. PacBio SMRT在表观遗传中的应用
DNA甲基化检测：
- 通过IPD（interpulse duration）和PW（pulse width）检测甲基化
- 可以检测m⁶A（腺嘌呤甲基化）和4-mC（胞嘧啶甲基化）
- 在细菌中应用广泛，真核生物中主要用于m⁶A检测