四、组蛋白修饰组学技术

1. X-ChIP-Seq（交联ChIP-Seq）
- 甲醛交联蛋白质-DNA → 超声打断染色质（200-1000 bp）→ 免疫沉淀 → 测序
- 适用于大多数组蛋白修饰，特别是稳定性较差的修饰
- 缺点：分辨率受限于超声片段大小，交联可能引入非特异性结合
2. N-ChIP-Seq（天然ChIP-Seq）
- 无交联 → MNase消化（单核小体分辨率，~147 bp）→ 免疫沉淀 → 测序
- 适用于稳定的组蛋白修饰（如H3K4me3、H3K27me3）
- 优点：单核小体分辨率，保留核小体定位信息
- 缺点：不适用于不稳定的修饰或DNA结合蛋白
3. CUT&RUN
- 抗体靶向组蛋白修饰 → 融合蛋白pA-MNase切割附近DNA → 释放DNA片段 → 测序
- 优点：低背景、高分辨率、低细胞数需求（可处理10^5细胞）
- 缺点：依赖抗体质量，部分修饰可能不适用
4. CUT&Tag
- 抗体靶向组蛋白修饰 → Tn5转座酶融合蛋白在修饰位点附近插入接头并切割DNA → 测序
- 优点：无需交联和超声，操作简便，背景更低，细胞数需求更低（可处理10^3-10^4细胞）
- 缺点：对转座酶活性敏感，部分区域可能覆盖不均