💡
concept
四、其他功能注释数据库
**(1)COG/KOG/EggNOG** - COG(Clusters of Orthologous Groups):原核生物蛋白质直系同源簇 - KOG:真核生物版本 - EggNOG:扩展版本,覆盖更多物种,提供GO、KEGG、CAZy等注释 - 将蛋白质分为功能类别(如J: Translation, K: Transcription, S: Unknown) **(2)NR/UniProt...
📖 定义
(1)COG/KOG/EggNOG
- COG(Clusters of Orthologous Groups):原核生物蛋白质直系同源簇
- KOG:真核生物版本
- EggNOG:扩展版本,覆盖更多物种,提供GO、KEGG、CAZy等注释
- 将蛋白质分为功能类别(如J: Translation, K: Transcription, S: Unknown)
(2)NR/UniProt/Swiss-Prot
- NR(Non-Redundant):NCBI的非冗余蛋白数据库,用于序列相似性搜索
- UniProt:最全面的蛋白质数据库,包含Swiss-Prot(人工审编)和TrEMBL(自动注释)
- 注释流程:BLASTp比对NR/UniProt → 取top hit → 继承功能描述
(3)专用数据库
- CAZy:糖类活性酶分类(糖苷水解酶、糖基转移酶等)
- TCDB:膜转运蛋白分类
- VFDB:细菌毒力因子
- CARD:抗生素耐药基因
- antiSMASH:生物合成基因簇(次级代谢产物)