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concept
数据资源与算法工具
生物信息学的发展离不开数据资源和算法工具的积累。 **主要数据库:** - **核酸序列数据库**:GenBank(NCBI)、ENA(欧洲)、DDBJ(日本)——国际三大核苷酸数据库联盟 - **蛋白质数据库**:UniProt(蛋白质序列和功能)、PDB(蛋白质三维结构) - **基因组数据库**:Ensembl、UCSC Genome Browser、NCBI Genome - **通路数据...
📖 定义
生物信息学的发展离不开数据资源和算法工具的积累。
主要数据库:
- 核酸序列数据库:GenBank(NCBI)、ENA(欧洲)、DDBJ(日本)——国际三大核苷酸数据库联盟
- 蛋白质数据库:UniProt(蛋白质序列和功能)、PDB(蛋白质三维结构)
- 基因组数据库:Ensembl、UCSC Genome Browser、NCBI Genome
- 通路数据库:KEGG、Reactome、WikiPathways
- 疾病数据库:OMIM、ClinVar、GWAS Catalog
- 单细胞数据库:Cell Atlas、Single Cell Portal
算法工具开发:
- 生物信息学领域已发展了数以万计的软件工具
- 工具开发遵循"开源、共享"的文化传统
- 生物信息学社区通过BioConductor(R)、Biopython(Python)、Galaxy(Web平台)等项目推动工具的标准化和可重复性