三、基因组数据格式详解

BED格式
BED文件至少包含3列，最多12列：
- chrom：染色体名称
- chromStart：起始位置（0-based）
- chromEnd：终止位置（1-based，不包含）
- name：名称（可选）
- score：分数（0-1000，可选）
- strand：方向（+/-/.）
- thickStart：编码区起始（可选，用于显示）
- thickEnd：编码区终止（可选）
- itemRgb：颜色（可选）
- blockCount：外显子数量（BED12）
- blockSizes：外显子大小列表（逗号分隔）
- blockStarts：外显子相对起始位置列表
WIG格式
variableStep格式示例：

variableStep chrom=chr1 span=50
1001 12.5
1051 13.2
1101 11.8

表示chr1上1001-1050位置的值为12.5，1051-1100位置的值为13.2。
GTF格式
GTF是GFF2的变体，每行9列：
1. seqname：染色体或scaffold
2. source：注释来源
3. feature：特征类型（gene, transcript, exon, CDS等）
4. start：起始位置（1-based）
5. end：终止位置（1-based，包含）
6. score：分数（通常为".")
7. strand：方向（+/-/.)
8. frame：阅读框（0/1/2/.）
9. attributes：属性（gene_id, transcript_id等）