四、基于转录组证据的预测

（1）RNA-Seq数据比对与组装
- 将RNA-Seq reads比对到基因组（如HISAT2、STAR）
- 使用StringTie、Cufflinks等工具组装转录本
- 获得GTF格式的转录本结构注释
（2）全长转录本测序
- PacBio Iso-Seq或Nanopore direct RNA测序获得全长cDNA
- 无需组装，直接获得完整的外显子-内含子结构
- 可发现新的转录本异构体
（3）整合策略（Evidence Modeler, EVM）
- 将从不同来源（从头预测、同源比对、转录本组装）获得的基因模型进行整合
- 根据证据的可靠性和一致性进行加权评分
- 输出一致性最高的基因模型集合
- 代表工具：EVM（Evidence Modeler）、PASA（Program to Assemble Spliced Alignments）、BRAKER