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concept
三、基于同源性的预测
**（1）蛋白质同源比对** - 将已知物种的蛋白质序列与目标基因组进行比对（如tblastn） - 根据蛋白质比对结果推断基因的编码区 - 考虑剪接位点信号，将基因组DNA与外显子对应 - 代表工具：GeneWise、Exonerate（protein2genome模式） **（2）cDNA/EST比对** - 将已知的cDNA或EST序列与基因组比对（如BLAT、GMAP） - 直接确定外显子...
📖 定义
（1）蛋白质同源比对
- 将已知物种的蛋白质序列与目标基因组进行比对（如tblastn）
- 根据蛋白质比对结果推断基因的编码区
- 考虑剪接位点信号，将基因组DNA与外显子对应
- 代表工具：GeneWise、Exonerate（protein2genome模式）
（2）cDNA/EST比对
- 将已知的cDNA或EST序列与基因组比对（如BLAT、GMAP）
- 直接确定外显子-内含子边界
- EST数据质量参差不齐，需要过滤和聚类
（3）跨物种比较基因组学
- 利用进化保守性：编码区通常比非编码区更保守
- 利用密码子替换模式：同义替换率（Ks）和非同义替换率（Ka）
- 代表方法：Twinscan（整合人类-小鼠比较信息）、CONTRAST