四、多样性分析

α多样性指数：
| 指数 | 衡量 | 公式 | 特点 |
|------|------|------|------|
| 物种数（Richness） | 丰富度 | S = 物种数量 | 不考虑丰度 |
| Shannon | 丰富度+均匀度 | H' = -Σ(pi × ln pi) | 对丰富度敏感 |
| Simpson | 丰富度+均匀度 | D = 1 - Σ(pi²) | 对优势种敏感 |
| Chao1 | 估计总丰富度 | Chao1 = S_obs + n₁²/(2n₂) | 考虑稀有物种 |
| Pielou's J | 均匀度 | J' = H'/ln(S) | 纯度的衡量 |
β多样性距离度量：
| 距离 | 公式 | 特点 |
|------|------|------|
| Bray-Curtis | 1 - 2Σmin(xi, yi) / Σ(xi + yi) | 考虑丰度，最常用 |
| Jaccard | 1 - |A∩B| / |A∪B| | 仅考虑有无 |
| Unweighted UniFrac | 考虑系统发育距离 | 考虑进化关系 |
| Weighted UniFrac | 考虑丰度和系统发育 | 综合考量 |
β多样性可视化：
- PCoA（主坐标分析）
- NMDS（非度量多维尺度分析）
- UPGMA聚类树