三、比对后处理的关键步骤

（1）排序（Sorting）
比对后的SAM/BAM文件需要按染色体坐标排序，以便后续处理。
（2）标记PCR重复（Mark Duplicates）
PCR扩增会引入系统性偏差——来自同一模板分子的多个reads并非独立采样。使用Picard MarkDuplicates等工具识别并标记PCR重复reads，避免重复reads对变异检测的干扰。
（3）Indel区域重比对（Indel Realignment）
比对软件在Indel附近可能产生比对偏差（如将Indel附近的SNP错误比对）。GATK的IndelRealigner通过识别Indel附近不一致的比对，进行局部重比对，提高Indel和周围SNP的检测准确性。
（4）碱基质量校正（Base Quality Score Recalibration, BQSR）
测序仪给出的原始碱基质量值可能存在系统性偏差（如某些测序循环质量系统性地偏低）。BQSR通过将碱基质量与已知变异数据库（如dbSNP）进行比较，建立校正模型，重新校准碱基质量值。