三、重叠布局共识（OLC）算法

OLC算法更适合长读长数据（PacBio/Nanopore），其工作流程：
（1）Overlap（重叠检测）
计算所有reads两两之间的重叠关系。对于N条reads，需要O(N²)次比对，计算量巨大。对于长读长数据，通常使用minimap2等快速比对工具进行all-vs-all比对。
（2）Layout（布局构建）
根据重叠关系构建布局图（string graph）：
- 每个read是图中的一个节点
- 如果两个reads有显著重叠，则在它们之间建立边
- 边的方向和长度由重叠的位置和长度确定
- 简化图结构（去除 transitive edges，压缩 unambiguous paths）
（3）Consensus（一致性序列生成）
对布局图中的每个unitig（unambiguous path），将对应的reads进行多序列比对，生成一致性序列作为contig。