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concept
二、Hi-C技术原理
Hi-C实验流程： 1. **甲醛交联**：将空间上接近的DNA片段共价交联 2. **酶切**：用限制性内切酶（如HindIII、DpnII）切割DNA 3. **末端修复和生物素标记**：补平粘性末端并掺入生物素标记的dNTP 4. **连接**：稀释后连接，使空间上接近的片段连接在一起 5. **去交联和测序**：打断DNA，富集生物素标记的嵌合片段，进行双端测序 Hi-C数据分析用于基因组...
📖 定义
Hi-C实验流程：
1. 甲醛交联：将空间上接近的DNA片段共价交联
2. 酶切：用限制性内切酶（如HindIII、DpnII）切割DNA
3. 末端修复和生物素标记：补平粘性末端并掺入生物素标记的dNTP
4. 连接：稀释后连接，使空间上接近的片段连接在一起
5. 去交联和测序：打断DNA，富集生物素标记的嵌合片段，进行双端测序
Hi-C数据分析用于基因组组装：
- 构建接触矩阵（contact matrix）：染色体各区域之间的相互作用频率
- 同一染色体上的区域相互作用频率高（呈现对角线富集）
- 相邻区域相互作用频率高于远端区域
- 使用算法（如3D-DNA、SALSA、ALLHiC）将contig聚类到染色体组、确定顺序和方向