分子对接的原理

分子对接模拟配体与受体的结合过程，包括两个核心问题：
1. 构象搜索（Pose Prediction）
- 在构象空间中搜索配体的最优结合姿态。
- 常用算法包括：系统搜索（Systematic Search）、随机搜索（Monte Carlo、遗传算法）、基于物理的搜索（分子动力学模拟）。
- 搜索空间包括配体的平移、旋转和可旋转键的二面角变化。
2. 结合亲和力预测（Scoring）
- 打分函数评估每个结合姿态的亲和力，用于排序。
- 打分函数类型：
- 力场打分：基于分子力学能量项（范德华力、静电相互作用）
- 经验打分：拟合实验数据得到的加权能量项
- 知识-based打分：基于蛋白质-配体复合物结构数据库的统计势能
- 机器学习打分：使用RF、SVM、CNN等算法学习结构-亲和力关系
常用分子对接软件包括AutoDock Vina、Glide、GOLD、rDock等。