二、剪接比对

RNA-seq reads可能跨越一个或多个剪接位点（splice junction），这要求比对软件能够处理"分裂比对"（split alignment）。
STAR比对算法：
1. 种子生成：将read切分为多个短片段（seeds），在基因组上搜索精确匹配
2. 聚类：将基因组上接近的种子聚类为候选比对区域
3. 拼接：对于跨越内含子的reads，在候选区域之间构建剪接位点
4. 评分：对完整read进行比对评分，选择最优比对位置
STAR的特点：
- 速度快（比TopHat2快约50倍）
- 准确性高
- 内存需求大（需要约30-40 GB RAM用于人类基因组）
HISAT2比对算法：
- 使用基于图的比对方法（graph-based alignment）
- 利用FM-index和局部哈希实现快速搜索
- 对剪接变异的检测更敏感
- 内存效率高（<10 GB for human genome）