四、DNA甲基化组学技术

1. 全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）
- 原理：亚硫酸盐转化 + 全基因组测序
- 优点：单碱基分辨率、全基因组覆盖、定量准确
- 缺点：测序成本高、DNA损伤大、C→U转化导致序列复杂性降低
- 应用：全基因组甲基化图谱绘制、DMR鉴定
2. 简化代表性重亚硫酸盐测序（RRBS）
- 原理：限制性内切酶（MspI）富集CpG岛区域，再进行亚硫酸盐测序
- 优点：成本低、覆盖启动子和CpG岛区域
- 缺点：仅覆盖约1-5%基因组，对非CpG岛区域不敏感
3. 甲基化DNA免疫沉淀测序（MeDIP-Seq）
- 原理：使用5-mC特异性抗体富集甲基化DNA片段，然后测序
- 优点：无需亚硫酸盐处理，DNA完整性高
- 缺点：分辨率低（约100-200 bp），不能区分5-mC和5-hmC
4. 第三代测序技术
- ONT纳米孔测序：通过检测DNA通过纳米孔时的电信号差异，直接识别甲基化修饰
- PacBio SMRT测序：通过分析DNA聚合酶动力学的变化检测甲基化
- 优点：无需亚硫酸盐处理，可区分5-mC和5-hmC，长读长
- 缺点：错误率较高，需要较高测序深度