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concept
三、ChIA-PET技术原理
**与Hi-C的区别**： - Hi-C无差别地检测全基因组所有相互作用 - ChIA-PET针对特定蛋白质（如CTCF、RNAPII、Cohesin）介导的相互作用进行富集 **实验步骤**： 1. 甲醛 + EGS交联 2. 超声打断染色质 3. ChIP富集目标蛋白质及其结合的DNA片段 4. 连接半连接子（half-linker），形成桥连接结构 5. 酶切或Tn5片段化，产生配对末端标签...
📖 定义
与Hi-C的区别：
- Hi-C无差别地检测全基因组所有相互作用
- ChIA-PET针对特定蛋白质（如CTCF、RNAPII、Cohesin）介导的相互作用进行富集
实验步骤：
1. 甲醛 + EGS交联
2. 超声打断染色质
3. ChIP富集目标蛋白质及其结合的DNA片段
4. 连接半连接子（half-linker），形成桥连接结构
5. 酶切或Tn5片段化，产生配对末端标签（PET）
6. 测序
优势：
- 信号特异性强，背景噪声低
- 分辨率可达100 bp
- 可以直接鉴定蛋白质介导的特定互作（如CTCF-CTCF环）
局限性：
- 依赖高质量抗体
- 只能研究与特定蛋白质相关的相互作用
- 需要较多细胞数