案例一：玉米基因组选择育种

玉米是基因组选择应用最成功的作物之一。美国玉米育种中，GS已广泛应用于配合力预测：
1. 训练群体：500-2000个杂交组合，测定SNP基因型（约50K SNP芯片）和测交产量表型。
2. 模型建立：使用rrBLUP或BayesB模型训练。
3. 预测应用：对新合成的杂交组合（仅有基因型）预测配合力。
4. 效果：GS可将育种周期从传统的5-6年缩短至2-3年，预测准确性达到0.5-0.8（取决于性状和群体）。

# 使用rrBLUP包进行基因组选择
library(rrBLUP)
# 读取基因型矩阵（n×m，n个体，m标记）和表型
marker_data <- read.table("snps.txt", header=TRUE)
phenotype <- read.table("yield.txt", header=TRUE)
# 训练模型
model <- mixed.solve(y=phenotype$yield, Z=marker_data)
# 预测育种值
gebv <- marker_data %*% model$u