第三阶段：后基因组时期（2002—2012年）

这一时期是生物信息学的快速发展阶段，核心特征是高通量数据、多组学整合和系统生物学兴起。
关键里程碑：
- 2001年：人类基因组草图在Nature和Science上发表，人类基因组计划提前完成。
- 2002年：小鼠基因组完成，人类基因组单体型图（HapMap）计划启动。
- 2003年：人类基因组计划正式宣布完成；ENCODE计划启动，旨在识别人类基因组中的所有功能元件。
- 2005年：二代测序技术（NGS）出现，测序成本开始断崖式下降。
- 2006年：癌症基因组图谱计划（TCGA）启动，系统性地对多种癌症进行基因组分析。
- 2007年：世界首份"个人版"基因图谱完成，个体化基因组时代来临；人体微生物组计划（HMP）启动。
- 2009年：汤富酬发表单细胞转录组测序技术，开启了单细胞组学时代。
- 2010年：外显子测序技术成熟，三代测序技术出现。
- 2012年：CRISPR/Cas基因编辑系统的应用发表；英国启动十万人基因组计划。
这一时期，二代测序技术（Illumina平台为代表）的普及使得数据产量呈指数级增长。一个实验室一天就能产生相当于整个人类基因组计划的数据量。生物信息学从"辅助基因组计划"变成了所有生命科学研究都离不开的核心工具。