第二阶段：基因组学时期（1976—2001年）

这一时期是生物信息学的成型阶段，核心特征是数据库建立、算法开发和基因组计划启动。
关键里程碑：
- 1977年：桑格研究小组完成了第一个全基因组（噬菌体ΦX174，5386个碱基）的测序。同年，DNA测序的"桑格法"正式确立。
- 1981年：中国实现酵母丙氨酸转移核糖核酸的人工合成。
- 1985年：穆利斯（Mullis）创立PCR技术；生物信息学专业期刊CABIOS创刊。
- 1986年：日本核酸序列数据库DDBJ诞生；蛋白质数据库SWISS-PROT建立。
- 1988年：美国国家生物技术信息中心（NCBI）成立，成为生物信息学最重要的基础设施之一。
- 1990年：国际人类基因组计划（HGP）正式启动，预算30亿美元，计划15年完成。这是生物学领域的"登月计划"。
- 1991年：BLAST算法发表，成为生物信息学领域最广泛使用的序列比对工具。
- 1995年：流感嗜血杆菌全基因组序列发布，这是第一个被完全测序的自由生活生物。
- 1996年：酵母基因组完成测序，这是第一个真核生物基因组。
- 1997年：北京大学生物信息学中心（CBI）成立；大肠杆菌基因组完成测序。
- 1998年：克雷格·文特尔（Craig Venter）创立塞莱拉基因组公司，采用鸟枪法测序策略，与公共基因组计划形成竞争。
这一时期，生物信息学从一个边缘领域逐渐走向中心。人类基因组计划产生的海量数据，迫使科学家们开发自动化工具来处理和分析。BLAST、FASTA等序列搜索算法，Clustal多序列比对工具，Phylip进化分析软件等都在这一时期诞生。