FastQC + Trimmomatic质控示例

# === 第一步：FastQC质控 ===
mkdir -p qc_results
# 对单个样本运行FastQC
fastqc -t 4 -o qc_results sample_R1.fastq.gz sample_R2.fastq.gz
# 批量处理
for r1 in raw/*_R1.fastq.gz; do
    r2="${r1/_R1/_R2}"
    fastqc -t 4 -o qc_results "$r1" "$r2"
done
# MultiQC汇总所有质控报告
multiqc qc_results/ -o qc_results/summary/
# === 第二步：Trimmomatic质量修剪 ===
# 假设FastQC显示：
# 1. 3'端质量下降（需要SLIDINGWINDOW修剪）
# 2. 存在adapter污染（需要ILLUMINACLIP）
mkdir -p trimmed
# PE模式（双端）
trimmomatic PE -threads 8 \
    raw/sample_R1.fastq.gz raw/sample_R2.fastq.gz \
    trimmed/sample_R1_paired.fq.gz trimmed/sample_R1_unpaired.fq.gz \
    trimmed/sample_R2_paired.fq.gz trimmed/sample_R2_unpaired.fq.gz \
    ILLUMINACLIP:adapters.fa:2:30:10 \
    LEADING:3 TRAILING:3 \
    SLIDINGWINDOW:4:15 \
    MINLEN:36
# 参数说明：
# ILLUMINACLIP:adapters.fa:2:30:10
#   adapters.fa = adapter序列文件
#   2 = seed匹配时允许的最大错配数
#   30 = palindrome模式下的阈值
#   10 = simple模式下的阈值
# LEADING:3 - 从read起始切除质量值<3的碱基
# TRAILING:3 - 从read末尾切除质量值<3的碱基
# SLIDINGWINDOW:4:15 - 4bp窗口平均质量<15时切除
# MINLEN:36 - 丢弃长度<36bp的read